采用無土栽培能很好地解決保護地土壤次生鹽漬化和病蟲害等連作障礙的問題，有效地調控作物優質高產所必需的水、肥、氣、熱條件，可比土壤種植有效地提高產量和品質。
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1、定植前將基質翻勻整平，浸灌栽培槽，使基質充分吸水。按每槽2 行定植，基質略高于苗坨，如果進行長期栽培畝定植3000 株左右， 短期栽培每畝可定植4500~5000 株。種植前要挖小穴，然后將苗放入，再蓋基質，并稍壓緊，最后淋透水。
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2、溫濕度管理：緩苗前晝溫一般保持在30℃左右，不可高于35℃。緩苗后，晝夜溫度均較緩苗前低2~3℃，以促進根部生長，晝溫保持25~28℃，夜溫保持17~18℃。結果后， 晝溫保持22~30℃， 夜溫保持15℃以上，溫度過高或過低都會導致畸形果的產生。基質濕度以70%~80％為宜， 空氣相對濕度保持在50%~60%。
3、光照管理：櫻桃番茄對日照長短要求不嚴格。中午陽光充足且溫度高時，可利用遮陽網進行遮陽降溫或者通風降溫。
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4、肥水管理：基質槽培由于在基質中混入了充足的基肥，因而在一般情況下只澆清水。定植20d 后開始追肥，之后每隔10d 追1 次肥，每立方米基質每次追施1.5kg 消毒雞糞加0.5kg 無土栽培專用肥（含氮14%、磷10%、鉀14%、鈣4%、鎂9%、硫6%、鐵2%及錳、銅、鉬和硼等微量元素）， 肥料應均勻撒在離根5cm 處。
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5、追肥量和追肥間隔天數要根據植株長勢進行適當調整，植株生長旺盛，要少追肥或不追肥，并適當控水；植株長勢較差，可適當多追肥。基質較干時，可考慮澆水，每次澆水時間不超過10min，以少量多次為原則靈活掌握。