在基質栽培條件下，植物營養供應完全來自營養液。因此，絕不能套用土壤栽培的水肥管理經驗，應根據植物需求與不同的生長周期，精準確定營養液配比、濃度、pH值，以及滴灌的頻率、時間段、用量。
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1、溫度：根據具體的品種的要求給以適當的溫度，大多數種子的發芽溫度在20-25℃之間。溫度太高和太低都會直接影響種子的發芽率。
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2、濕度：播種后水分的管理是很關鍵的。冬季育苗夜間土溫低時，水分散失少，因此在苗期不需要補水或者少補水；如果土溫較高，在苗期應根據實際需要噴霧補水。夏季育苗時，水分蒸發特別快，必須根據實際情況隨時補充水分。如果種子很細，為避免水的沖刷，可以采用浸盆的方法補水。
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3、光照：除個別品種像仙客來在萌發時需要黑暗之外，大多數種子在光照條件下有利于萌發。種子萌發后必須接受光照，否則會使幼苗徒長。
4、揭去覆蓋物：種子發芽后，要及時揭區覆蓋物。有60%－70%的種子在子葉展開后應將膜揭去，以免幼苗徒長。同時仍然要保持基質的濕度，從而使未發芽的部分種子的子葉從種殼中成功伸出。
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5、移植：種苗生長到適合移植的時候，要及時假植或定植，否則容易造成種苗徒長和生產延誤。各種種苗移植的時間各不相同，需根據實際情況決定。