在整個魚菜共生組合里，其實就是一個養細菌的幾個方法，我們為它們創造條件，讓它們沒日沒夜的為你工作，各就各位，各按其責的發展壯大，這才是魚菜共生的關鍵核心。
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在該系統里，必須養二類細菌，一類是發酵分解魚糞有機物的細菌，另一類是硝化菌，硝化菌負責將分解后產生的產物即對魚有毒對菜不會吸收的氨氮亞硝酸鹽分解轉化為無毒的菜肥：硝酸鹽。
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利用好二類細菌的功能是理論的基礎，其中一類細菌負責把魚糞殘餌等有機物分解為無機鹽，只要是活物吃進后都會有另一種表現產生另一種物質，這類細菌吃的是有機物魚糞等等，拉出來（轉化）的是一種叫氨氮，以固態或液態或氣態，而氨氮在一定環境及濃度條件下，快速轉化合成為亞硝酸鹽，也是以液氣固的三種狀態在水體中積聚，而亞硝酸鹽在達到一定濃度時對魚蝦的傷害非常大，所以世界上現在應用最廣泛和有效消滅亞硝酸鹽的就是硝化細菌，而且可以完全徹底的消失。
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這種閉鎖環工藝的魚菜共生系統可用于大規模生產，效率高，很大程度上減少水資源的使用。國內外眾多的研究都是基于閉環共生開展的。