1 基地環境保護地
水肥一體化無土栽培，栽培設施全，環境好，栽培環境可控，能有效阻隔病蟲害侵染，沒有過渡期，可直接生產有機蔬菜；而一般土壤栽培，無栽培設施或設施不全，環境好但受環境影響大，難以控制病蟲害侵染，且一般土壤上有機栽培要有2~3（年）過渡期。
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2 水肥管理及病蟲害防控
保護地水肥一體化無土栽培技術，其水肥一體化,肥水均勻，操作簡便，省工，且病蟲害少，可人為措施控制，基地可以長期使用。而一般土壤栽培水肥均勻度難控制，操作麻煩，費工，且病蟲害多，難以人為控制，基地生產多年則病蟲害嚴重。
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3 有機蔬菜的產量、品質及成本效益
保護地水肥一體化無土栽培生產的有機蔬菜產量高，平均在10 000 kg 以上，品質好且穩定；一般土壤栽培的有機蔬菜產量偏低，平均為9 000 kg，品質難以保證，且產量和品質也不穩定。
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由于保護地設施無土栽培能減少病蟲害侵染，即使是允許使用的農藥也很少用，而一般土壤栽培不能保證沒有病蟲害的侵染，很難做到絕對不施用農藥，并在很大程度上影響了有機蔬菜的產量和品質；另外，土壤栽培受環境及人為因素影響較大，故存在產量及品質的不穩定性。