除無土栽培專用肥外，目前各地也使用單一肥料及與水質相適應的混配化肥，但肥料用量的計算、配制、調節等較為復雜，容易出現一些問題。
(1)肥料計量器具未校正或校正有誤，造成配制的母液濃度、組成與原設計不同；肥料溶解先后順序錯誤，未能全溶；忽略了肥料元素表示法和氧化物表示法的不同，造成營養液配制錯誤。
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(2)采用普通肥料，純度過低，原液配制時發生沉淀；從補水口附近取樣，造成分析結果偏低。由于從取樣到結果分析需要時間，難以及時調整肥料組成和濃度。
(3)漏加微量元素，引起全部植株發生微量元素缺乏癥，產生莖葉黃化現象及其他生理性疾病。
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(4)循環式營養液栽培中常用電導率(EC)變化來調控總離子濃度，但常因鈣、鎂等(特別是鈉)積累過多導致生育不良，即EC值變化不能反映營養液中單一元素濃度及各組分比例等變化，造成營養過剩或缺乏。有時發現循環營養液中磷濃度過低，則提高磷濃度，造成磷被過量吸收，發生葉片黃化現象。
(5)為提高營養液pH值，增施銨態氮，但因作物優先吸收銨態氮，營養液中剩余較多的硝態氮，結果導致pH值更加降低。