無土栽培中有機固態基質的選擇，應切合實際情況，因地制宜的選擇。基質的配制是有機蔬菜無土栽培成功與否的關鍵環節之一，那該如何選擇呢？
1.樹皮
不同的樹種差異很大，作為基質最常用的是松樹皮和杉樹皮。樹皮含有無機元素但保水性較差，并含有樹脂、單寧、酚類等抑制物質，需充分發酵使之降解。研究表明腐化樹皮與草炭為7:3時對于生菜的生長最為有利。
2.椰衣纖維
又稱椰殼纖維或椰糠，是椰子加工業的副產品。與泥炭相比，椰衣纖維含有更多的木質素和纖維素，疏松多孔，保水和通氣性能良好，pH為酸性。
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3.稻殼
稻殼是水稻加工時的副產物，其通透性好，不易腐爛，持水能力一般，可與其他基質材料配合使用。通常使用方法是通過暗火悶燒將其炭化，形成碳化稻殼即礱糠。可作為基質和基質配方進行溫室等設施蔬菜的有機無土栽培的基質使用。
4.蔗渣
蔗渣是制糖業的副產品，主要成分是纖維素，其次是半纖維素和木質素。新鮮甘蔗渣由于碳氮比太高，植物根系難在其中正常生長，因而使用前必須經過堆漚處理。在自然條件下其堆漚效果較差，需添加氮源，方可成為與泥炭種植效果相當的良好無土栽培基質。
5.秸稈
將秸稈粉碎后加入雞糞等有機質和綠隴有機肥發酵劑進行發酵處理，可得到有機基質。與其他基質混配后，可用于蔬菜等園藝作物的有機無土栽培。
6.泥炭
是植物有機體在過度潮濕、空氣難以進入的條件下，經過上千年的腐質化后，由植物殘體組成的一種有機礦產資源。具有良好的保水、保肥、透氣、透水等物理特性；具有良好的生物活性，能提高種子發芽率，促進根的發育，增強植物逆境的抵抗能力。
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7.鋸末屑
以黃杉和鐵杉的鋸末為最好，有些側柏的鋸末有毒，不能使用。較粗鋸末混以25%的稻殼，可提高基質的保水性和通氣性。另外鋸末含有大量雜菌及致病微生物，需經過適當處理和發酵腐熟才能應用。
8.蘆葦末
蘆葦末中有機質、大量元素及植物所需營養元素含量均較高，重金屬元素含量很少，pH為中性，總孔隙度較大。
9.其他有機基質
主要來自于各種有機固體廢棄物，包括工農業廢棄物和城市垃圾。如污泥和垃圾堆肥可部分的代替泥炭，中藥渣、花生殼、咖啡加工的廢渣都有報道應用于無土栽培。