無土栽培基質在進行一到兩茬的作物栽培后，最好進行一次消毒以繼續使用。經試驗，使用福爾馬林與高錳酸鉀進行熏蒸基質的消毒方法效果好，操作簡便，成本低，耗費時間少。具體操作方法如下：
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把基質平鋪在水泥路面之上，寬度四米以內，厚度不要超過四十公分，并且橫向縱向劃出十至二十公分深的溝壑，然后覆蓋上十二絲以上的薄膜。之后每隔一米在事先挖好的溝壑中，放置一個用廣口瓶裝的四十克高錳酸鉀，然后 需要用同樣的方法，將八十毫升的福爾馬林擺放在高錳酸鉀的旁邊。
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另外需要根據基質的數量確定參與操作的人員數量，因為需要同時將福爾馬林倒入盛有高錳酸鉀的瓶子中，并迅速由另外一人用沙土將薄膜壓住，防止氣體漏出。
這種方法利用的福爾馬林在高錳酸鉀強氧化性的作用下迅速揮發，產生大量福爾馬林及蟻酸氣體，并且迅速深入到基質中，以起到消毒的作用。夏季將基質平鋪并暴曬一周或者冬季在露天冰凍兩個月都能起到一定的自然消毒作用。
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更換基質
基質使用兩三茬后，作物殘根較多，病菌以及鹽分都有了一定的積累，再繼續使用既需要進行過濾去除殘根，并將極致浸泡，去掉多余的鹽分，在進行消毒。此外消毒后的基質最好添加部分新的理化性較好的新基質，并混合均勻后進行使用。
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