在無土栽培過程中，番茄整枝可以提高番茄的產量和品質，減少病蟲害的危害。現介紹番茄的整枝技術如下：
1、單稈整枝：即只留主稈，及時摘除所有側枝。這種整枝方式，單株結果數少，但果形大，且在單位面積上可以栽植較多植株，從而可增加早期產量和總產量。適用于早熟密植栽培、無限生長類型品種。
2、雙稈整枝： 除主稈外，還選留第1花序直下第1葉腋抽出的側枝，讓選留的側枝和主稈同時生長，摘除以后抽出的所有側枝和二級側枝。采用雙稈整枝的單位面積種植的全面的村鎮信息共享株數較少，雖可增加單株結果數，提高單稈產量，但總產量及單株產量均不及單稈整枝的，惟一可節省秧苗用量。這種方式適用于土壤較瘦、肥料不多、秧苗短缺、種植密度較稀等情況。
3、一稈半整枝（改良式單稈整枝）：除主稈外，再留第1花序直下第1葉腋抽生的側枝，待側枝上著生1～2個花穗后即行摘心，原主稈繼續生長，摘除其余全部側枝。這種整枝方式，比單稈整枝結果多，可提高早期產量，種植密度可適當減少。
整枝應在晴天進行，以利于傷口愈合。對于感病植株，特別是病毒病株，應分開整枝，避免將病株病原菌、病毒帶到健株上，防止人為傳播。
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