合理的蔬菜輪作可充分利用無土栽培基質中的各種營養元素，避免或減輕溫室無土栽培蔬菜病蟲害和環境污染，降低生產成本，提高溫室無土栽培蔬菜的質量和產量。在安排溫室無土栽培蔬菜輪作時，應遵循下述原則：
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1、合理安排輪作周期
溫室無土栽培蔬菜輪作周期主要依據各類蔬菜適宜的生長季節和主要病原菌在栽培環境中存活和侵染的不同情況而定。
2、合理輪換種植
果菜類、葉菜類和豆類作物確定溫室無土栽培蔬菜輪作的順序，應考慮到各種蔬菜的生物學特性，對基質中需要吸收的各種營養元素特點以及生產和市場的需要等因素。輪作種植番茄、菜豆、黃瓜、菜心和白菜等各種蔬菜，可有效地利用基質中的各種營養元素。要把生長期長與生長期短的，需肥多與需肥少的蔬菜合理輪作搭配種植。