基質栽培是無土栽培的主要形式，約占無土栽培總面積的90%以上，基質栽培的方法比較多，國內目前以復合基質的槽式和袋式栽培為主。
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1、作物根系生長和吸收養分的適宜溫度一般在18～25℃之間，冬季當室溫降到15℃左右時，基質中的溫度也降到13～15℃，由于根系生長并不需要溫差，溫度過低很快影響根系活力，導致植株生長緩慢和葉片黃化。
2、夏天當室溫達35℃甚至更高時，基質中的溫度就會超過30℃，引起根系呼吸過于旺盛而缺氧，并迅速引起根系和植株莖葉的衰老。所以，基質栽培護根容器的保溫隔熱性就顯得非常重要。
3、基質容積小，溫度變化大，沒有土壤那么穩定。冬季低溫和夏季高溫季節都應采取保溫隔熱措施，冬季還應配合基質加溫措施，以確保根部基質溫度最低不低于16℃，最高不要超過28℃。
4、基質栽培為了提高保水、保肥能力，一般都應有保護基質和根系的容器，槽式及溝式培也必須用薄膜隔離土壤，以免根系扎入土中和引起水肥滲漏。但為了防止根部積水，底部需要保留少量排液孔，還要考慮廢液的回收利用，以免造成地下水的硝酸鹽污染。
5、基質表面不覆蓋（保濕），夏秋高溫季節很容易引起表面的鹽分積累和引起藻類滋生，進而引起根部透氣不良。有機生態型無土栽培和常規敞開槽式基質栽培都存在鹽分積累問題，應該采用具隔熱并保濕的材料覆蓋根基表面。