無土栽培的水質要求比國家環保局頒布的《農田灌溉水質標準》的要求稍高，但可低于飲用水水質的要求。水質要求的主要指標如下:
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1、硬度：根據水中含有鈣鹽和鎂鹽的數量可將水分為軟水和硬水兩大類型。硬水中的鈣鹽主要是重碳酸鈣[Ca(CO3)2]、硫酸鈣(CaSO4)、氯化鈣(CaCl2)和碳酸鈣(CaCO3)，而鎂鹽主要為氯化鎂 (MgCl2)、硫酸鎂 (MgSO4)、重碳酸鎂[Mg(HCO3) 2]和碳酸鎂(MgCO3)等。而軟水的這些鹽類含量較低。水的硬度統一用單位體積的CaO含量來表示，即每度相當于10mg CaO/L
2、在石灰巖地區和鈣質土地區的水多為硬水，例如我國華北地區許多地方的水為硬水；而南方除了石灰巖地區之外，大多為軟水。硬水由于所含鈣鹽、鎂鹽較多，一方面導致營養液pH較高，另一方面在配制營養液時如果按營養液配方中的用量來配制時，常會使營養液中的鈣、鎂的含量過高，甚至總鹽分濃度也過高。
3、利用硬水配制營養液時要將硬水中的鈣、鎂含量計算出來，并從營養液配方中扣除。在北京地區，曾有人試驗過單純依靠硬水中的鈣就可滿足生菜的生長要求。一般利用15°以下的水進行無土栽培較好，硬度太高的水不能夠作為無土栽培生產的用水，特別是進行水培時更是如此。
4、酸堿度：范圍較廣，pH5.5~8.5之間的水均可使用；懸浮物：≤l0mg/L。利用河水、水庫水等要經過澄清之后才可使用；氯化鈉含量：≤200mg/L，但不同作物、不同生育時期要求不同；溶解氧：無嚴格要求。最好是在未使用之前≥3mgO2/L。
5、氯(Cl2)：主要來自自來水中消毒時殘存于水中的余氯和進行設施消毒時所用含氯消毒劑如次氯酸鈉(NaClO)或次氯酸鈣[Ca(ClO)2]殘留的氯。氯對植物根系有害，為此，自來水配制的營養液在進入栽培循環系統之前放置半天，設施消毒后空置半天，以便余氯散逸。